概念则是想创造一个弱化楼层高差，消隐屋顶界限，建筑内部场所如行云流水般层层跌落起伏的流畅体验。云树书舍亦内外融合庭院和周边景观，让来者可在任意高度的场所停留驻足，多角度欣赏馥香湖的美景，感受云树书舍的「自然生长，流畅无界」的场所精神。

书舍中心位置留出一个中庭，由首层连接至屋顶，中庭坡道如藤蔓环绕蔓延而上，时而与周围不同的功能场所相连。树干亦是藏书区域本身，让书舍宛如生长在馥香湖边的大树，灯塔的光色变换在树心形成独特的光影弥散。