概念則是想創造一個弱化樓層高差，消隱屋頂界限，建築內部場所如行雲流水般層層跌落起伏的流暢體驗。雲樹書舍亦內外融合庭院和周邊景觀，讓來者可在任意高度的場所停留駐足，多角度欣賞馥香湖的美景，感受雲樹書舍的「自然生長，流暢無界」的場所精神。

書舍中心位置留出一個中庭，由首層連接至屋頂，中庭坡道如藤蔓環繞蔓延而上，時而與周圍不同的功能場所相連。樹幹亦是藏書區域本身，讓書舍宛如生長在馥香湖邊的大樹，燈塔的光色變換在樹心形成獨特的光影彌散。